Definir y emitir lineamientos y restricciones para la importación y exportación de animales, sus productos y subproductos, así como productos biológicos, químicos, farmacéuticos y alimenticios para uso en animales o consumo por éstos. Normar y vigilar los procedimientos para la acreditación de establecimientos en otros países, exportadores de carne, vísceras y despojos.
Proponer los anteproyectos de acuerdos interinstitucionales y programas en materia de salud animal coordinando, la suscripción de los mismos, entre la Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación y los gobiernos de los países interesados, a través de la Coordinación General de Asuntos Internacionales.
Establecer estrategias para el reconocimiento de equivalencias de sistemas nacionales para la exportación e importación de mercancías pecuarias; así como efectuar las gestiones de reconocimiento en zonas de baja prevalecía de enfermedades tanto para la importación como para la exportación.
Definir y vigilar el procedimiento técnico de acreditación de plantas extranjeras procesadoras de leche y sus derivados que desean exportar o exportan sus productos a México.
Emitir lineamientos zoosanitarios para la determinación de cuarentenas a animales de importación, así como aplicar las restricciones a la importación de animales, productos y subproductos de origen animal en caso de emergencia y definir las restricciones a productos de origen animal en caso de sospecha de riesgo zoosanitario para el país.
Coordinar la operación del sistema computarizado para expedición de certificados zoosanitarios de exportación, en las unidades de expedición ubicadas en delegaciones de la Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación, inspectorías fitozoosanitarias en puertos aeropuertos y fronteras, rastros tipo inspección federal y oficinas centrales de la Dirección General de Salud Animal.